Учёные из Университета Базеля разработали программный инструмент Bonsai, который визуализирует сложные многомерные биологические данные в виде дерева. Это позволяет исследователям видеть скрытые закономерности в данных, которые невозможно представить в двух или трёх измерениях. Об этом пишет издание Phys.org.
Bonsai строит ветвящееся дерево, где отдельные клетки находятся на концах ветвей, а расстояния между ними точно отражают их родство в многомерном пространстве. При тестировании на данных секвенирования РНК отдельных клеток Bonsai точнее существующих методов восстанавливал пути развития клеток и выявлял их взаимосвязи.
При анализе клеток крови человека Bonsai обнаружил новый подтип иммунных клеток — естественных киллеров, происходящих из миелоидной линии, а не из лимфоидной, как считалось ранее. Инструмент применим к любым типам многомерных данных, включая медицинские, микробиологические и нейробиологические, и доступен исследователям бесплатно.